Esso è il primo santuario eretto in Italia in onore della Vergine Santissima, denominato “Madonna di Fatima”.
Nel 1947 iniziano i lavori sul terreno donato dal Conte Gaetano Marzotto, alla periferia della città di Portogruaro, lungo la strada statale Treviso-Portogruaro.
Il 13 settembre 1949 vengono tracciate le fondamenta della chiesa e del convento, due giorni dopo partono gli scavi.
La consacrazione del santuario viene compiuta dal Vescovo Vittorio De Zanche il 13 maggio 1954. Dal 1999, nel convento attiguo al santuario ha sede il Centro di Evangelizzazione dei Cappuccini del Veneto e Friuli Venezia Giulia.